Ris, tout le monde rira avec toi. Pleure, tu seras le seul à pleurer » Alors qu’il s’apprêtait à fêter l’anniversaire de sa fille, Oh Dae-su est arrêté par la police pour ivresse sur la voie publique. Arrivé plus tard, son ami d’enfance Joo-hwan persuade les policiers de le laisser repartir. Mais sur le chemin du retour Oh Dae-su est enlevé. Il est ensuite séquestré, sans savoir par qui ou pourquoi, avec pour seul lien avec l’extérieur une télévision. Par le biais de cette télévision, il apprend le meutre de sa femme, meurtre dont il est le principal suspect. Au désespoir d’être séquestré sans raison apparente succède alors chez le héros une rage intérieure vengeresse qui lui permet de survivre. Il est relâché 15 ans plus tard, toujours sans explication. Oh Dae-Soo est alors contacté par celui qui semble être le responsable de ses malheurs, qui lui propose de découvrir qui l’a enlevé et pourquoi. Le cauchemar continue pour le héros.

À la fin du xiie siècle, en France, une troupe de croisés vient trouver un forgeron nommé Balian. Inconsolable depuis la mort de leur enfant à la naissance, la femme de celui-ci s’est récemment suicidée. Balian accueille froidement la visite du chef croisé, le baron Godefroy d’Ibelin, qui lui révèle être son père et lui propose de l’accompagner à Jérusalem, où il possède des terres. Balian refuse cette offre. Cependant il doit répondre du meurtre d’un prêtre, qu’il a tué car celui-ci avait dérobé la croix d’argent que son épouse portait au cou et ordonné sa décapitation avant son enterrement (motivée par l’infamie du suicide aux yeux de l’Église). En fuite, Balian rejoint son père, qui est ensuite blessé par les hommes de l’évêque et du seigneur du village lancés à la poursuite de Balian. Godefroy meurt quelque temps plus tard à Messine, port italien d’où partent les navires pour la Terre Sainte non sans l’avoir adoubé chevalier et convaincu de poursuivre sa route.
Arrivé en Terre Sainte malgré le naufrage de son navire, Balian se lie d’amitié avec Imad, un Sarrasin qu’il pense être un simple serviteur, et prend possession des domaines de son père. Il doit faire face aux intrigues de la cour du roi de Jérusalem et notamment à l’animosité de Guy de Lusignan et de Renaud de Châtillon, qui souhaitent la guerre contre Saladin. Il jure de protéger le roi lépreux Baudouin IV ainsi que le peuple et devient très proche de Sibylle, sœur du roi et épouse de Guy, avec qui il a une idylle.
Balian est ensuite capturé à Kerak lorsque Saladin, lassé des provocations de Renaud de Châtillon, attaque ce château. Mais il est relâché grâce à Imad, qui s’avère être un proche conseiller de Saladin. Baudouin et Saladin négocient la paix, mais ce voyage achève de ruiner la santé déjà défaillante de Baudouin. Lorsque le roi mourant lui propose la main de Sibylle, déjà mariée à Guy de Lusignan, Balian refuse malgré ses sentiments. Guy de Lusignan devient alors roi et Sibylle reine, et Guy entre peu après en guerre contre Saladin.
Après la déroute des troupes de Guy de Lusignan et de Renaud de Châtillon face à l’armée de Saladin, Balian assure la défense de Jérusalem. Malgré une défense héroïque, il doit capituler face à la puissance de l’armée de Saladin, mais sa bravoure assure la vie sauve et une retraite en bon ordre pour toute la population chrétienne de la ville. Balian se retire dans son pays natal avec Sibylle, redevenue simple femme du peuple, et refuse l’offre de Richard Cœur de Lion de partir en croisade.

Noël 1955. Le professeur Bruttenholm raconte à Hellboy, son fils adoptif, l’histoire de la guerre des débuts des temps. Elle a opposé l’alliance des elfes, des orques et des gobelins au peuple humain, dont le seul but est de croître et de prospérer au détriment de l’équilibre du monde. Afin de remporter la guerre, les elfes firent forger par les gobelins une armée de soldats d’or contrôlée par une couronne d’or. La guerre prit alors un tournant favorable pour les créatures fantastiques. Mais le roi des elfes, pris de tristesse devant cette victoire sanglante, décida d’une trêve. La couronne fut brisée en trois ; un morceau fut confié aux humains et les deux autres conservés par les elfes, afin que les légions d’or ne soient jamais reformées.
Des millénaires plus tard, un des trois fragments de la couronne est en vente, il est volé par le prince des Elfes, Nuada, qui veut reprendre la guerre contre les humains et reformer les Légions d’Or.